Waterwerken.nl werkt vanaf 2011 bijna volledig CO2 Neutraal. Op een groot gedeelte van ons machine- en wagenpark zitten inmiddels roetfilters, en ons nieuwe beunschip de Trio is voorzien van de nieuwste CCR2 motoren. Deze voldoen ruim aan de nu geldende eisen. Op dit schip wordt een electrische kraan geplaatst,welke zal worden aangedreven door een aggragaat met CCR2 motor,zodat dit schip dan als een van de eerste kraanschepen in Nederland aan alle (ook later geldende)millieu-eisen voldoet. 

De resterende CO2 uitstoot van onze machines compenseren we,of onze opdrachtgever(s), door het kopen van certificaten.Met deze certificaten koop je tonnen CO2.De opbrengst hiervan wordt dan bijvoorbeeld gebruikt om een waterkrachtcentrale in India te bouwen .Wereldwijd komt er op deze manier dan geen CO2 meer bij.